Japan Bioinformatics KK

受託開発事例

Ｗｅｂベースのシステム開発

（株）ダナフォームは独立行政法人理化学研究所の理研ベンチャー制度にもとづき平成1０年９月にオミックス基盤研究領域（現在）の林崎 良英氏を中心に設立された会社であります。ダナフォーム社は、ｃＤＮＡライブラリー作成、発現プロファイリングとゲノムアノテーションのためのトランスクリプトームの特性と遺伝子発現の解析サービス、ゲノムソースの配布等の様々な事業をお客様に提供しております。

１０万種類以上のcDNAクローン配布の事業は極めて独特のビジネスですが、ダナフォーム社は、この事業を維持するため、レファレンスデータソースの間断なき更新と強力な検索ツールが欠かすことができません。しかしながら、CDNAクローンサーチに欠かせないオンラインの環境が足りず、ダナフォームの販売力とお客へのポストセールスサポートに支障を来たしていました。

そうした状況を改善するために、ダナフォームは、ジャパンバイオインフォマテックスに、ダナフォームのオンラインオーダリングシステムとはシームレスに統合するようなcDNAクローンの統合化と完全にアノテーションされた検索可能なデータベースシステムを開発させる契約をしました。

ジャパンバイオインフォマテックスは、速やかに、ベースとなるｃＤＮＡクローンデータを特定し、複数のデータ形式を扱うことが可能な統一モデルを開発しました。たいていのｃＤＮＡクローンはアノテーション情報が更新されていなかったので、正確なアノテーションとクロスリファレンスデータを回復させることにより、ｃDNAクローン配列が更新され、そして最新のゲノム配列に対しアライメントされました。

そのデータベースが整備されたや、ジャパンバイオインフォマテックスは任意の遺伝子やクローン識別子、プレート情報、DNA配列等を使ってデータを検索できる効果的で柔軟なオンラインツールを開発しました。このアプリケーションツールは、NCBI, HGNC, MGI, RIKEN's Fantom, PubMed and Ensembl.などの公共のデータベースと完全に統合化されています。このシステムが開発されたことで、多言語環境の下で、簡単なアプリケーションにより、興味のある製品の特定や購入の決定などダナフォームのお客様が必要とする全情報が見えるようになりました。

Case Study: DNAFORM

DNAFORM is a Japan-based biotechnology company with a focus on services for transcriptome and genome analysis. Their main business activities include the preparation of full length cDNA libraries, Cap Analysis Gene Expression (CAGE) next-generation sequencing services for expression profiling and genome annotation, and the distribution genomic resources. Clone distribution is a unique business marked by over 100,000 different products that require continues updates on their reference information and powerful search tools. The lack of an on-line facility to search for clone related information was placing a severe limitation on DNAFORM’s sales potential and customer after sales services.  Therefore the DNAFORM contracted Japan Bioinformatics to develop an integrated, fully annotated and search-able database for cDNA clones that would seamlessly integrate with their existing secure online ordering system.

Japan Bioinformatics quickly identified the sources for basic clone data and developed a unified model that could accommodate multiple data formats.  Since most of the clones lacked up-to-date annotation information, the sequences were retrieved and aligned against the latest genome sequences allowing accurate annotation and cross-reference data to be retrieved.

Once the database was in place, Japan Bioinformatics developed an effective and flexible on-line tool to search the data using any gene or clone identifier, plate information or DNA sequences.  The application is fully integrated with public data repositories including NCBI, HGNC, MGI, RIKEN's Fantom, PubMed and Ensembl.  All information necessary for DNAFORM's clients to identify the product of interest and to make a purchasing decision was made available in a bi-lingual and easy-to-understand application.

Finally a robust utility for keeping the database up-to-date was developed and the system was integrated with the DNAFORM's existing website.

The DNAFORM Clone Search Engine will be made available to the public from February 2009 and will offer the first Japanese reference database for clone distribution services to the Japanese Research Community.