クロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-Seq)サービス
High Speed Sequencing/Next Generation SequencingChIP Seq Analysis Service
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基本的プロセシング
入力：FASTQもしくはFASTA形式ファイル(.fastq, .fq.
fa)、あるいはcolorspace；１つのライブラリに１つのファイル。お客様のご要望に基づき、データはMySQL形式、CSVもしくはエクセル
ファイルで提出します。基本料金には２つのライブラリのプロセシングを含みます。各ライブラリは最大１千万リード、もしくは500Mbです。
| Basic Processing
We accept input using FASTQ files, FASTA files plus quality information or
raw files from Illumina GA,
Life Technologies ABI SOLiD and Roche 454.
Almost any combination of data can be processed
together, including long,
short and paired reads. We can handle transcription factors (TF) with
narrow binding sites; histones-like factors with wide binding sites as
well as POLII-like factors that have a combination of narrow and wide
binding sites. Data generated includes intensity and p-value
calculation for each region and each peak within region.
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作業項目
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詳細
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Description
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Deliverables
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リファレンスゲノムへのマッピング
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- マップされたリードのデータベース、もしくはテキストファイル。
- 次の解析に利用可能なSAM形式ファイル
- UCSCで読み込み可能なBAM形式ファイル
- マップリードの統計学的情報
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Mapping to reference genome
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- Database
of mapped reads or text file.
- SAM-formatted
file for further processing.
- UCSC-readable
BAM-formatted file for visualization.
- Statistical
information on mapped reads
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ピーク解析と可視化
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- UCSCで読み込み可能なBedGraphとBEDファイル
- ピーク情報
- 統計処理によるピークの定量化
- 有意なピーク、有意でないピークのリスト
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Peak analysis and visualization
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- UCSC-readable
BedGraph and BED files for
visualization
- Peak
information
- Statistical
peak quantification
- Lists
of accepted and rejected peaks
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更なるサービス
ご要望にお応えして、様々な追加サービスがご利用できます。 例：
- Webサイトの強化
- Simbiotを使用したデータ提出とプロセシング
- お客様もしくは第３者提供のゲノミック情報を用いたセットアップとプロセシング
| Additional Processing
Beyond basic processing we offer comprehensive data
management, development of web-based repositories as well as follow-on
expression analysis and time course analysis to detect differential hybridization.
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