リファレンスシーケンスへのマッピング
High Speed Sequencing/Next Generation Sequencing
RNA Seq Analysis Service II: Reference-based Transcript Assembly
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基本的プロセシング
入力：FASTQもしくはFASTA形式ファイル(.fastq, .fq.
fa)、あるいはcolorspace；１つのライブラリに１つのファイル。お客様のご要望に基づき、データはMySQL形式、CSVもしくはエクセル
ファイルで提出します。基本料金には２つのライブラリのプロセシングを含みます。各ライブラリは最大１千万リード、もしくは500Mbです。
| Basic Processing
We accept input using FASTQ files, FASTA files plus
quality information or raw files from Illumina GA, Life Technologies ABI
SOLiD and Roche 454.
Almost any combination of data can be processed together, including
long, short and paired reads. We also can assemble new data generated
using high speed sequencers (next generation sequencers) together with
old style capillary sequencing data, for example end-sequenced EST
libraries.
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作業項目
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詳細
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Description
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Deliverables
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リファレンスゲノムへのマッピング
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- マップされたリードのデータベース、もしくはテキストファイル。
- 次の解析に利用可能なSAM形式ファイル
- UCSCで読み込み可能なBAM形式ファイル
- マップリードの統計学的情報
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Mapping to reference genome
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- Database
of mapped reads or text file.
- SAM-formatted
file for further processing.
- UCSC-readable
BAM, Bed and BedGraph -formatted file for visualization.
- Statistical
information on mapped reads
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Transcript assembly
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- アッセンブルした
transcriptや遺伝子に関する発現レベルかテキストファイルを含むデータベース。
- transcript発現レベル を含むGTF形式ファイル
- transcriptレベルでの発現情報のファイル。
- geneレベルでの発現情報のファイル。
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Transcript assembly
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- Database
of assembled transcripts and genes with expression levels or text file.
- Modified
GTF-formatted file with transcript expression levels.
- File
with transcript-level expression information
- File
with gene-level expression information
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GOとPathway classification
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全ての同定遺伝子に対するGene ontology (GO) and KEGG pathway情報
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GO and Pathway classification
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Gene ontology (GO) and KEGG pathway information for all
identified genes
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| 更なるサービス
ご要望に応えて、様々な追加サービスがご利用できます。例：
- 遺伝子発現に関する発展的な解析(相対的発現量,
タイムコース、クラスタリング)。ここでは、ある程度のサンプル数(少なくとも一条件に３つ)が必要です。
- Webサイトの強化
- Simbiotを使用したデータ提出とプロセシング
- お客様もしくは第３者提供のゲノミック情報を用いたセットアップとプロセシング
| Additional Processing Beyond
basic processing we offer comprehensive data management, development of
web-based repositories as well as follow-on expression analysis, time
course analysis, chimeric transcripts and more.
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